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截至2023年，福建生物工程職業(yè)技術(shù)學院設(shè)有7個教學系（院、部），設(shè)有23個高職專業(yè)，涉及生物與化工、食品藥品與糧食、醫(yī)藥衛(wèi)生、公共管理與服務(wù)等四個大類，其中教育部骨干專業(yè)3個、教育部健康服務(wù)類示范專業(yè)1個、國家級教學改革試點專業(yè)1個、省級精品專業(yè)1個、省級示范專業(yè)2個、省級特色專業(yè)群1個，省級示范生產(chǎn)性實訓基地1個。藥學專業(yè)群獲批省級“雙高計劃”，康復(fù)治療類專業(yè)穩(wěn)居全國前列。

福建生物工程職業(yè)技術(shù)學院的前身是創(chuàng)辦于1980年5月的福建醫(yī)藥學校。

1964年，省商業(yè)廳在福州湯井巷辦福州商業(yè)職業(yè)學校。設(shè)中藥專業(yè)、西藥專業(yè)各一個班。招收初中畢業(yè)生，學制4年。

1969年，專業(yè)隨學校停辦。

1979年4月，福建省醫(yī)藥公司在福州東門外溪口倉庫籌辦福建商業(yè)學校中藥材專業(yè)班，學制2年。

1980年5月，經(jīng)省人民政府批準，在中藥材專業(yè)班基礎(chǔ)上成立福建醫(yī)藥學校。

1982年12月，國家撥款122萬元，按在校學生400人的規(guī)模，在福州洪山鄉(xiāng)中店村建新校舍，累計投資240多萬元，于1986年6月底竣工。

1987年4月，增設(shè)藥劑專業(yè)，招收初中畢業(yè)生，學制4年。

1988年8月，福建醫(yī)藥學校各專業(yè)全部招收初中畢業(yè)生，學制4年。

2005年5月，經(jīng)福建省人民政府批準，在福建醫(yī)藥學校的基礎(chǔ)上組建福建生物工程職業(yè)技術(shù)學院。

2011年1月，通過高等職業(yè)院校人才培養(yǎng)工作評估。

2014年6月，“海洋生物制品福建省高校應(yīng)用技術(shù)工程中心”獲得省教育廳批準立項。

2015年1月，福建省生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)中試與檢測技術(shù)公共服務(wù)平臺”獲得省科技廳批準立項。8月，入選教育部首批現(xiàn)代學徒制試點單位，由省食品藥品監(jiān)督管理局劃歸省教育廳。

2018年1月，立項建設(shè)的“海洋生物制品福建省高校應(yīng)用技術(shù)工程中心”和“健康養(yǎng)老福建省高校應(yīng)用文科研究中心”通過省教育廳核準驗收。6月，獲福建省院士專家工作站授牌。

2019年6月，福建生物工程職業(yè)技術(shù)學院入選教育部首批1+X證書制度試點院校。

2020年11月，獲批福建省首批職業(yè)技能等級認定試點院校。

2022年5月，入選教育部“一站式”學生社區(qū)綜合管理模式建設(shè)自主試點單位。8月，獲批成為第二批福建省養(yǎng)老服務(wù)人才實訓基地。

以上信息源自官網(wǎng)，數(shù)據(jù)截止至2023年7月，請以官網(wǎng)為準！